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中心主任:
綜理中心業務。
教育訓練組:
與疾病管制署合作辦理傳染病防治推廣教育,教育內容包括流行病學及臨床訓練兩大類。將針對課程的規劃、教案的設計、師資的延聘、以及考試教學評量等進行規劃設計。
學術研究組:
本中心定位為國立臺灣大學全校傳染病防治研究之整合樞紐,針對台灣當前亟需有效防治或亟待防範的傳染性疾病,整合目前現有各研究群與人才,建立跨學院之學術研究成果與知識技術交流與共享平台,並與政府進行跨部會互動,以協助政府實務界與台大學術界之間的經驗知識交流與互相支援。
專案教師:
配合疾病管制署的專長需求,以補足臺大現有師資專長缺口,強化台大醫學校區傳染病相關學程師資陣容。
諮詢委員會:
建立學者專家諮詢評議制度,針對中心執行方向與成效逐年檢討,以作為續約及年度重點修正之參考依據。